Fue en 1513, cuando el rey de Michoacán, Tanguaxan II, llamado Calzonzi, invadió el territorio de la Confederación Chimalhuacana y de triunfo en triunfo, iba conquistando esta zona, quemando todos los pueblos por donde atravesaban sus guerreros. Enterado Coyotl, Toactoni de Teochinchán, de aquella avanzaba terrible que venía reduciendo a muerte, a cenizas y a llanto toda la extensión de la comarca, reunió a sus guerreros y a los de sus tributarios de Atemanicam, Hostotipaquillo, Amatitán, etc. y se hizo fuerte en el cerro que hoy lleva el nombre de Tequila. Desde ahí trabó un rudo combate con los ejércitos invasores, lucha que se alargó por varios días, sin que ninguno de los dos combatientes pareciera desistir y dejando entre ambos sembrada totalmente de cadáveres una amplia extensión de terreno. Al fin tuvieron que replegarse los indios de Michoacán, pues no conociendo el terreno como los teochinchenses, empezaron a sufrir serios descalabros que los dejaron reducidos a unos pocos hombres. Esto hizo que Calzonzi al fin decretara la retirada y humillado y vencido regresara a su reino. Calzonzi guardaba un resquemor muy doloroso. La humillación que había sufrido le escocía horriblemente y se desvelaba buscando la manera de vengarse de aquella afrenta sufrida en Teochinchán. (Tomado del Libro Mtro Luis Sandoval Godoy- Tequila Historia y tradicion 1983)

En 1866 el Gobierno del Estado envió un técnico al pueblo para que instruyeran sus habitantes el manejo de las armas, los cuales colaboraron durante la invasión francesa a favor de los liberales .Cabe destacar en esta lucha el General Ramon Corona Madrigal que años mas tarde agradeceria por el apoyo en contra del Tigre de Alica. Se estableció un regimiento en el pueblo y muchos tequilenses fueron hechos prisioneros y enviados a la prisión de San Juan de Ulúa en Veracruz, donde fueron asesinados por unirse a Ramon Corona que en el año 1887 sería Gobernador; y quien derrotó a los franceses en la batalla de la Coronilla el 16 de diciembre de 1866 gracias al intervención de estos heroes anónimos.

La Guerra del Mixton Poco antes de que se iniciaran las hostilidades, el virrey Antonio de Mendoza había enviado al gobernador de Nueva Galicia Francisco Vázquez de Coronado por tierra, y a Hernando de Alarcón por mar hacia el norte, en expediciones simultáneas para buscar la mítica ciudad de Cíbola (o Siete Ciudades). El control de Nueva Galicia, quedó en manos del teniente de gobernador Cristóbal de Oñate quien pronto se dio cuenta de que las fuerzas militares españolas habían sido superadas. Los abusos de algunos encomenderos y la resistencia de los propios indígenas para someterse a la corona española, fueron las causas que provocaron los primeros incidentes aislados. Un grupo de dieciocho principales chichimecas fueron hechos prisioneros, y nueve de ellos ahorcados por el capitán Domingo de Arteaga a mediados de 1540, en presencia de Cristóbal de Oñate, Martín Benítez, Juan Pascal y otros españoles. La respuesta de los chichimecas no se hizo esperar, a finales del mismo año los pobladores de Huaynamota y Huazamota dieron muerte al encomendero Juan de Arze a quien además se comieron asado. Rumores y noticias del descontento fueron escuchadas por Cristóbal de Oñate, se reportó un baile en Tlaxicoringa en donde los indígenas de los pueblos de Tlaltenango, Cuitlan, Hueli, Colotlán, y Tepeque promulgaron el levantamiento general. De acuerdo a las versiones de los cronistas españoles se celebró una especie de aquelarre dirigido por “viejas hechiceras” quienes invocaron al diablo, se le llamó tlatol y fue interpretado como la "palabra siniestra del diablo",6 el propio virrey Mendoza escribió que "algunos indios con los que se entrevistó le habían dicho ser mensajeros del diablo, el cual se llamaba Tecoroli, y le comunicaron que éste traía consigo resucitados a los antepasados indígenas". Muy probablemente se trataba de sacerdotisas celebrando un rito religioso, y en realidad el vocablo tlatol es la forma abreviada de tlahtolli (idioma náhuatl: discurso o palabra ) Los rumores escuchados se referían a reuniones celebradas en Tlaxicoringa, en donde los pueblos originarios determinaron hacer un frente común contra los españoles, a quienes pretendían expulsar de sus tierras. El huehuehtlahtolli, era la la antigua palabra, o discursos pronunciados por los ancianos y los sabios. Hubo diversas reuniones posteriores donde se escuchó el tlatol, en Xuchipila, Nochistlán y Teocaltiche. Con los ánimos encendidos, los indígenas atacaron a los españoles en Xuchipila, en Tepechitlán mataron a un esclavo de raza negra que trabajaba para Arturo de Bobadilla. En las cercanías de Etzatlán y Tequila, el fraile franciscano Juan de Calero intentó dialogar con ellos para conseguir la paz, pero como respuesta lo atacaron y mataron con flechas diciendo "¡Ya no nos predicarás más cosas del cielo ni del infierno, ni queremos tu doctrina!". Fray Antonio de Cuéllar realizó un nuevo intento de diálogo, pero con iguales resultados. La rebelión general comenzó en 1541, en las inmediaciones de los señoríos caxcanes de Teocaltiche, Nochistlán y Xuchipila. En esta última población se había levantado un convento franciscano al que habrían llegado emisarios de la sierra del Nayar — probablemente coras o huicholes— a arengar a los indios a levantarse contra la dominación española, y muy especialmente contra la religión cristiana. Los indígenas partieron de los poblados españoles y se fortificaron en el Mixtón. Entre algunos de los líderes de la rebelión indígena se encontraban Petlácatl cacique caxcán de Xalpa, Francisco Tenamaxtle de Nochistlán, Coringa de Tlaxicoringa, Tencuítlatl de Xuchipila y don Diego de los zacatecos. El lugarteniente de gobernador realizó una junta y envió un mensajero en busca de ayuda a la ciudad de México, pues se dio cuenta que sus fuerzas habían sido superadas. Xiuhtecutli, gobernante de Xuchipila atacó a Gonzalo Garijo en Tlaltenango. En defensa de su causa, su lema fue ”totenan, totzacuil” (náhuatl: nuestro muro, nuestro amparo ), y bajo el grito de guerra “¡Axcan quema, tehuatl, nehuatl!” (náhuatl: ¡Ahora sí, tú o yo! ) comenzaron el ataque generalizado. Desde Guadalajara, Cristóbal de Oñate envió al capitán Miguel de Ibarra, así como indios aliados Tlaxomulco y del valle de Tonalá, los enfrentamientos tuvieron lugar en el cerro del Mixtón. El requerimiento fue leído repetidas veces, pero los rebeldes hicieron caso omiso a la lectura. Las fuerzas españolas fueron derrotadas y repelidas. De inmediato se enviaron noticias a la Ciudad de México, solicitando ayuda nuevamente, al virrey Antonio de Mendoza. Consumada la derrota en el Mixtón, los rebeldes sobrevivientes decidieron replegarse a la zona septentrional de Nueva Galicia, Tenamaztle se alió a Chapuli. No se consiguió una paz duradera, y los rebeldes mantuvieron acciones de guerrilla durante casi diez años más. Tenamaztle mantuvo en pie de guerra a los caxcanes, y fueron adicionalmente apoyados por los guainamotas, coras, tocomios, y tecuales. Otros pueblos que aún permanecían bajo control indígena fueron abandonados a los españoles.

En tal situación, las tabernas pagaban una renta a la comunidad agraria por el terreno que ocupaban, hasta que por orden del Honorable Ayuntamiento de Tequila se hizo el repartimiento de solares para mezcaleras el 18 de julio de 1825, correspondiéndole al indio Aparicio Martínez el título de propiedad del terreno en que estaban asentadas ambas tabernas. Don Aparicio Martínez vendió en $38.00 pesos el terreno ocupado por “la Cruz” al Señor Jose Maria Castañeda.

el 1 de diciembre del mismo año(1825)

Después de su fundación la pequeña población de Tequila que en 1563 estaba habitado solo por 50 indígenas y 7 frailes franciscanos, en 1570 pasó a encabezar su propio corregimiento. El 16 de octubre de 1656 fue elevada a la categoría de Villa, con el nombre de Villa de Torres Argos de Ulloa y Chávez, en honor al entonces gobernador del Reino de la Nueva Galicia.(EL MESTIZAJE Y EL TEQUILA)

El planteamiento de la existencia de industriales desligados del dominio territorial es más factible, toda vez que algunos propietarios de tabernas eran de muy reciente residencia en la villa de Tequila, tal es el caso de don José María Castañeda, quien siendo originario de Tlaltenango, Zacatecas, pasó a radicar a la villa de Tequila a finales del siglo XVIII, fundando en septiembre de 1805 la taberna "La Cruz" (posteriormente conocida como La Antigua Cruz). En junio de 1835 la heredó a su hijo José de la Cruz, quien la vendió, a mediados del siglo, a don Felix Vargas que tenía otra taberna contigua a La Cruz, fundada a su vez en marzo de 1826. Una vez que don Felix Vargas adquirió La Cruz fundió las dos tabernas y conservó el nombre "La Cruz" por ser esta la de más importancia. Mas tarde pasaría a manos de Don Cenobio Sauza Madrigal

Las prohibiciones Eran permanentemente violadas y el tequila cada vez se producía en mayor escala. Reconociendo la inconsecuencia de tal medida, y en virtud de la necesidad de mayores recursos para atender los servicios públicos de Guadalajara, el doctor Juan Canseco y Quiñones, gobernador del Nuevo Reino de Galicia de 1636 a 1640 "...decidió reglamentar la fabricación y comercio del vino mezcal..." estableciendo el estanco correspondiente a todo el licor que entrara a la capital tapatía. Tal estanco duraría poco tiempo. Fue hasta 1673 cuando se expidió la Cédula que creaba el estanco nuevamente. La última prohibición española tuvo vigencia de 1785 a 1795.